A mãe de Rebecca, Rachel, desperta de seu sono, e profetiza um futuro chocante: A vida da Mother acabará em breve, e todos os humanos serão extintos do universo. Para evitar isso, a tripulação da Edens Zero parte em direção ao último universo, o Universo 0, do qual não há chance de voltar. Então a história volta para o local onde começou: Granbell. Shiki, Rebecca e Happy se encontram novamente, e a aventura para salvar o mundo recomeça mais uma vez!!
